De levensmiddelenindustrie is op het gebied van innovatie actief op verschillende fronten. De industrie is vertegenwoordigd binnen initiatieven als Food and Nutrition Delta en Top Institute Food en Nutrition.

Voor de levensmiddelenindustrie is het van belang dat wet- en regelgeving innovaties op het gebied van duurzaamheid en gezondheid stimuleren in plaats van afremmen. Discussies over Novel Foods, GGO's en nanotechnologie moeten worden gevoerd op basis van wetenschappelijke argumenten en niet op basis van emotionele argumenten.  De FNLI zet zich hiervoor in. Ook maakt de FNLI zich hard voor een significante vermindering van de tijd tussen aanvraag tot toetreding en uiteindelijke toetreding van nieuwe producten op de markt. Toetreding duurt in sommige gevallen tot 6 maal langer dan in de Verenigde Staten.