Allergenen zijn bestanddelen van een natuurlijke of kunstmatige stof die allergische reacties kunnen veroorzaken. Als allergenen als ingrediënt of andere stof worden gebruikt bij het maken van levensmiddelen en nog aanwezig zijn in die levensmiddelen, dan moeten deze worden vermeld op het etiket. In totaal zijn er momenteel 14 wettelijk verplichte allergenen die op het etiket vermeld moeten worden.
 
De FNLI heeft samen met de NVWA een informatieblad voor allergenen ingrediëntenetikettering opgesteld. Binnenkort wordt een aangepaste versie opgenomen. In dit aangepaste infoblad wordt toegelicht dat in de lijst van ingrediënten allergenen ten alle tijden benadrukt moeten worden. Het advies van de FNLI is om de naam van het allergeen vet af te drukken. 

Daarnaast heeft de FNLI een handleiding opgesteld voor etikettering in geval van versleping of kruisbesmetting. Versleping betekent, onbedoelde vermengingen van een allergeen vanuit een voedingsmiddel in een ander voedingsmiddel. Versleping vindt bijvoorbeeld plaats als verschillende producten op één en dezelfde productielijn gemaakt worden. Volledige verwijdering van allergenen is soms niet mogelijk.