Contaminanten zijn stoffen die onbedoeld in levensmiddelen aanwezig kunnen zijn en worden ook wel verontreinigingen genoemd. Zulke stoffen kunnen ontstaan tijdens het verbouwen van gewassen in de agrarische sector. Ook kunnen contaminanten afkomstig zijn uit het milieu, door bijvoorbeeld zware metalen. Daarnaast kunnen stoffen gevormd worden tijdens de productie van levensmiddelen, zoals acrylamide.

De FNLI levert een actieve bijdrage aan het verkrijgen van goede normering door het beschikbaar stellen van kennis en gegevens van de leden aan de overheid. Ook als er op dit gebied nog geen regelgeving bestaat, zal de levensmiddelenindustrie op vrijwillige basis het ALARA (As Low As Reasonably Archievable) principe toepassen. Daarnaast wordt gewerkt met HACCP of hygiënecodes en wordt aanbevolen GMP-procedures (goede en verantwoorde werkwijzen) toe te passen. Voor sommige stoffen zoals voor acrylamide bestaan zelfs aparte wegwijzers die door gezamenlijke activiteit zijn opgesteld tot vermindering van het ontstaan van acrylamide tijdens de productie. Deze wegwijzers zijn ondermeer te vinden op het FNLI-extranet voor leden.