Ongewenste micro-organismen in voeding kunnen ziekte bij de mens veroorzaken. Daarom is hygiënische productie een basisvereiste voor het produceren van levensmiddelen. Sinds 1 januari 2006 is de nieuwe Europese wetgeving over de hygiëne van levensmiddelen en diervoeders van kracht. De hervormde wetgeving (beter bekend als het Hygiëne Pakket) geeft handen en voeten aan een veilig en transparant systeem voor de productie van levensmiddelen en diervoeders.

Voordat de Europese wetgeving van 2006 was geïntroduceerd, werden levensmiddelen ook hygiënisch geproduceerd onder vergelijkbare voorschriften, maar in andere, soms nog nationale, wetgeving. De ontwikkeling van het voedselveiligheidssysteem HACCP (Hazard Analyses and Critical, Controle Points) is begonnen in Nederland. Op dit moment is het belangrijk dat de verschillende voedselveiligheidssystemen (HACCP/ISO 22000 etc.) onderlig bestudeerd worden zodat een gezamenlijke noemer gevonden kan worden en uitwisseling van certificaten mogelijk is tussen partijen in de productie keten.